TOFA administrerer de kommunale fiskerettigheter og har samarbeidsavtale med Jonsvatnet grunneierlag. Videre er alle fiskevatn i Haukås statsallmenning med i dette fiskekortområdet. Jonsvatnet er det sentrale vatnet i dette fiskekortområdet, som byr på sportsfiske i 28 vatn og tjern.

Ørret, røye og gjedde har vært de tradisjonelle fiskearter i området. Gjennom Bratsbergtunnelen har Mysis relicta kommet fra Selbusjøen og inn i Jonsvatnet, hvor dette krepsdyret har etablert en fast bestand. Røyebestanden i Jonsvatnet har reagert negativt på introduksjonen av krepsdyret.

TOFA driver i samarbeid med Jonsvatnet grunneierlag og Strinda fjellstyre et aktivt fiskekulturarbeid i området. Det settes ut ørret i endel av vatna når Jonsvannsutvalget mener det er nødvendig.

I 1996 ble det registrert mort i Midtidammen som via avløpsbekk drenerer til Jonsvatnet. Ingen vet hvordan morten var kommet til Midtidammen, men den mest sansynlige teori er at den må være fraktet dit fra Bymarksvatna.

Rotenonbehandlingen av Midtidammen som ble gjennomført i 1998, og var vellykket. Hensikten var å hindre at mort fikk spre seg nedstrøms til Jonsvatnet med fare for etablering og foringelse av vannkvaliteten.

TOFA har egen oppsynsbåt på Jonsvatnet med dispensasjon for bruk av motor. Oppsynsbåten blir også stilt til disposisjon for Trondheim kommune og forskere som arbeider på Jonsvatnet.

For Jonsvannsområdet er det klare regler for ferdsel og fiske i forbindelse med drikkevannsrestriksjonene. Det er svært viktig at disse regler blir overholdt.

Vitenskapsmuseet (NTNU) kontrollerer jevnlig Mysis-bestanden i Jonsvatnet på vegne av Trondheim kommune. Trondheim kommune tar også månedlige vannprøver fra totalt 7 stasjoner i vatnet. Norsk institutt for naturforskning har også utført mange undersøkelser her. TOFA forsøker å ta hensyn til de resultater som fremkommer gjennom dette arbeid for sine fiskekultiveringstiltak.

Tømmerholdtdammen og Estenstaddammen ble fristilt for sportsfiske i 2004, på grunn av at drikkevannsrestriksjonene for vatna ble opphevet.