I Nidelva og i bekkene tilknyttet vassdraget er det de siste 15 årene gjort en rekke grep for å gjøre forholdene for fisk bedre. Vannkvaliteten i bekker med avløp i vassdraget er gradvis rettet opp og habitatforbedrende tiltak er gjennomført for å øke den naturlige produksjonen av fisk i vassdraget. Fortsatt er det arbeid som må gjøres for sikre sjøørretens overlevelse i vassdraget; vannkvaliteten må sikres i hovedelva og i sideløp, og det er fortsatt habitatforbedrende tiltak som kan gjøres for å optimalisere bestandene av sjøørret i vassdraget. Nedenfor er en liste over de tiltak som er gjort siste 15 år:

I dag er det bare én gytebekk i Nidelva med egnede gyte- og oppvekstforhold for sjøørret. Det er Leirelva. Denne bekken er det gjennomført en rekke tiltak i som forbedring og sikring av vannkvalitet, og flere habitatforbedrende tiltak for å øke produksjonen i bekken. Den anadrome strekningen i bekken er i dag 2,5 km, og bekken har i dag en god økologisk tilstand. Uten disse tiltakene, som er gjennomført av Trondheim Kommune, hadde ikke sjøørreten hatt noen velfungerende gytebekk i vassdraget.

Heimdalsbekken er en sidebekk til Leirelva. Bekken har tidligere vært svært forurenset, men Trondheim Kommune jobber nå med å sikre vannkvaliteten i bekken, og har i tillegg gjort en rekke habitatforbedrende tiltak og fjernet vandringshindre i bekken.

I 2010 ble også Sverresdalsbekken, med utløp i Nidelva, åpnet for sjøørret. Bekken er kort, og det er bygd 32 terskler for at fisken skal komme seg opp i bekken, samt en større kulp for eventuell gyting. I 2011 er det registrert høy yngelproduksjon i de nedre delene av denne bekken, noe som indikerer at sjøørret har gytt i munningsområdet av Sverresdalsbekken, der det også er lagt ut egnet gytegrus. Det arbeides fortsatt for å sikre vannkvaliteten i bekken. Forhåpentligvis vil åpningen av denne bekken framover fungere som et godt gyteområde for sjøørreten i de nedre delene av elva. Ansvarlig for dette prosjektet har Trondheim Kommune vært i samarbeid med Statens Vegvesen.

I 2010 ble det også gjennomført et habitatforbedrende tiltak for sjøørreten i et lite sideløp til Nidelva. Sideløpet ble åpnet opp og har nå vannføring selv på minstevannføring. I tillegg ble bekken tersklet opp og gytegrus lagt ut. Dette tiltaket ble støttet av Fylkesmannen i Sør – Trøndelag og gjennomført av TOFA. Yngel-/ungfiskundersøkelser foretatt av NIVA har registrert gode forkeomster av årsyngel og eldre laksefisk, både ørret og laks, etter tiltaket.