TOFA gjennomfører en rekke eksterne oppdrag. Vi har gjennomført mange oppdrag lokalt i Trøndelag, men vi bistår også forskingen ellers i landet. Vi har de siste årene blitt innleid av Veterinærinstituttet, NINA og NIVA på en rekke oppdrag. Vi har god kompetanse på El-fiske, og vi har de siste 5 årene gjennomført ungfiskeundersøkelene og Re-etableringsprogrammet i Rauma på oppdrag fra Veterinærinstituttet. VI har også årlig ungfiskeundersøkelser i Homla, samt at vi har en rekke andre små og store El-fiskeoppdrag.

Prøvefiske er noe vi besitter god kompetanse på. Vi har årlig prøvefiske i flere av våre vann i Trondheim, ofte tar vi med oss skoler på dette. Vi har gjennomført prøvefiske for eksterne som har ønsket å få en tilstandsrapport på fiskevannet, vi har laget rapporter om oppdragsgiver har ønsket dette.

Elvemusling (Margaritifera margaritifera) har de siste årene havnet mer og mer i søkelyset, og er en god indikasjon på at vannkvaliteten er god. Vi har gjennomført flere kartleggingsoppdrag av elvemusling, spesielt i vår egen elv Nidelva, og der var det TOFA som først oppdaget elvemuslingen.

Årlig prøver vi bedre gyteforholdene til både laksen og sjøørreten lokalt i Trøndelag, vi legger ut store mengder elvegrus i mindre og større sidebekker. Vi har også gjennomført andre restaureringsprosjekt i bekker og elver.

I 2020 bisto vi Statkraft ved å lage 4 nye gytefelt i Nidelva.